Jednou z hlavních hrozeb pro korálové útesy jsou rostoucí teploty oceánu. Korálové útesy se daří v teplých vodách, ale pokud se voda příliš zahřeje, může korál bělit a zemřít. Korálové bělení dochází, když korál vyloučí řasy, které žijí v jeho tkáních. Tyto řasy poskytují korálu jídlo a barvu. Bez řas je korál zranitelnější vůči nemoci a hladovění.
Další hlavní hrozbou pro korálové útesy je okyselení oceánu. Okyserizace oceánu nastává, když oceán absorbuje oxid uhličitý z atmosféry. Tento oxid uhličitý reaguje s vodou za vzniku kyseliny uhličité, díky čemuž je oceán kyselejší. Kyselé vody rozpustí koře uhličitanu vápenatého korálu, což je činí křehčí a zranitelnější vůči poškození.
Znečištění může také poškodit korálové útesy. Znečištění může pocházet z různých zdrojů, včetně odpadních vod, hnojiv a úniků ropy. Odpadní voda a hnojiva obsahují živiny, které mohou způsobit růst řas na korálu. Tato řasy mohou blokovat korál ze slunečního světla a jídla a může také uvolňovat toxiny, které mohou korál poškodit. Olejové úniky mohou korál potahovat v silné vrstvě oleje, která může korál blokovat a dusit korál.
Nadměrné rybolov může také poškodit korálové útesy. Když je z ekosystému odstraněno příliš mnoho ryb, může narušit potravinový řetězec a umožnit růst řas. Řasy mohou blokovat korál ze slunečního světla a jídla a může také uvolňovat toxiny, které mohou poškodit korál.
Destruktivní rybářské postupy mohou také poškodit korálové útesy. Mezi ničivé rybolovné praktiky patří dynamický rybolov, rybolov kyanidů a rybolov Muro-Ami. Rybářství Dynamite používá výbušniny k zabíjení ryb a může také poškodit korálový útes. Rybolov kyanidu používá kyanid k omráčení ryb a může také poškodit korálový útes. Rybářství Mur-Ami používá k chytání ryb velkou síť a může také poškodit korálový útes.