Kůže orel bělohlavého je tmavě hnědá a mastná, s vrstvou peří, která ji pomáhá izolovat od chladu. Nejvzdálenější vrstva kůže, nazývaná epidermis, se skládá z vrstvy mrtvých buněk, které se neustále prolévají a nahrazují. Dermis nebo střední vrstva kůže obsahuje krevní cévy, nervy a vlasové folikuly. Nejvnitřnější vrstva kůže, subkutánní tkáň, se skládá z tukových buněk, které pomáhají udržovat orla v teple.