Nemůžete spolehlivě určit pohlaví orlů bělohlavého na základě fyzických charakteristik, jako je velikost nebo vzhled, pokud neporovnáte dva jednotlivce vedle sebe:ženy bývají o něco větší než muži. Kromě toho mají jak dospělá žena, tak samci bělohlavého orla, podobné velikosti, zbarvení, značení a vokalizace.
Jedním ze způsobů, jak přesně určit pohlaví orla bělohlavého, je genetické testování nebo molekulární sexuální, které zahrnuje analýzu ptačí DNA za účelem identifikace specifických genetických markerů, které se rozlišují mezi muži a ženami.
