Primárními nepřáteli orla rybího jsou jiní draví ptáci, jako jsou jestřábi a příležitostně i lidé. Vzhledem ke své velikosti a hbitosti je však orel rybí obvykle dobře vybaven k obraně svého území před těmito hrozbami. Kromě toho, stejně jako mnoho jiných dravců, orli rybí mají ostrý zrak a jsou přizpůsobeni spíše k lovu než k obraně nebo agresivnímu teritoriálnímu chování, což pomáhá držet své protivníky pod kontrolou.
