Popylení: Mouchy hrají zásadní roli při opylování, což je proces přenosu pylu z mužské části květu na ženskou část, což umožňuje oplodnění a reprodukci v kvetoucích rostlinách. Mnoho druhů mušek, jako jsou vznášející se, květinové mušky a tachinidové mušky, navštěvují květiny, aby se živili nektarem a pylem. Přitom neúmyslně nesou pylová zrna mezi květinami, což usnadňuje křížovou opylení. Tento proces je životně důležitý pro reprodukci a genetickou rozmanitost četných druhů rostlin.
rozptyl semen: Některé druhy mušek, zejména určité typy ovocných mušek, mohou rozptýlit semena rostlin. Tyto mouchy se živí ovocem a požívají semena, která procházejí jejich trávicím systémem, aniž by byly poškozeny. Když mouchy ukládají svůj odpad, rozptylují semena přes širší oblast a přispívají k šíření a klíčení rostlin.
Biodiversity: Mouchy jsou nedílnou součástí biologické rozmanitosti. Slouží jako jídlo pro různá zvířata, včetně ptáků, pavouků, plazů a obojživelníků. Přítomnost mušek v ekosystému udržuje jemnou rovnováhu a hraje roli při udržování potravinových sítí a ekologických interakcí.
Cyklistika živin: Mouchy přispívají k cyklování živin v ekosystému. Jako rozkladníci se některé druhy mušek živí mrtvou organickou hmotou, jako je rozpadající se ovoce, zelenina a zvířecí jatečně upravená těla. Rozdělením těchto materiálů uvolňují základní živiny zpět do životního prostředí a zpřístupňují je pro další organismy, které mají být využívány.
Biologická kontrola: Mouchy se někdy používají jako činidla biologické kontroly k řízení populací škůdců. Například určité druhy mouch mohou být použity k řízení specifických hmyzích škůdců v zemědělském prostředí parazitizací nebo kořistí na ně.
Lékařský a vědecký výzkum: V lékařském a vědeckém výzkumu se široce používají mouchy. Například ovocná muška (Drosophila Melanogaster) je modelovým organismem v genetice a biologii, který poskytuje vhled do základních biologických procesů, včetně vývoje, dědictví a chování.
Je však nezbytné poznamenat, že ne všechny mušky jsou prospěšné a některé mohou být škůdci nebo vektory nemocí. K minimalizaci negativních dopadů mušek jsou nezbytné správné postupy řízení škůdců a zároveň uznávají jejich ekologický význam a potenciální výhody.