Rozklad :Poté, co organismus zemře, jeho tělo podléhá rychlému rozkladu mikroorganismy, jako jsou bakterie a houby. Tento proces rozkládá organickou hmotu a ponechává malou šanci na zachování celého organismu.
Tafonomie :Tafonomie se týká procesů, které ovlivňují organismus poté, co zemře a stane se fosilií. Tyto procesy zahrnují úklid, transport vodou nebo větrem a vystavení živlům, jako je sluneční světlo a déšť. Tyto faktory mohou rozptýlit nebo poškodit zbytky organismu, takže je nepravděpodobné, že by se celé tělo zachovalo pohromadě.
Podmínky uchování :Pro uchování zkamenělin jsou nezbytné určité podmínky, včetně rychlého pohřbívání, aby se zabránilo rozkladu, správného typu sedimentu k ochraně pozůstatků a absence destruktivních geologických procesů, jako je eroze. Tyto podmínky se zřídka vyskytují společně, což ztěžuje zachování celých organismů.
Čas a geologické procesy :Drtivá většina fosilií, které se tvoří, je nakonec zničena nebo změněna v průběhu geologického času. Dynamické procesy Země, jako je budování hor, sopečná činnost a eroze, mohou deformovat, lámat nebo erodovat horniny s fosiliemi, což dále snižuje šance na nalezení úplných fosilií.
Vzácnost :V některých případech mohla být původní populace určitého druhu malá a lokalizovaná, nebo jen určití jedinci mohli žít v prostředích vedoucích k fosilizaci. Tato vzácnost může ztížit nalezení více exemplářů, natož celých organismů.
V důsledku těchto faktorů je většina fosilií fragmentární, představují pouze části organismů, jako jsou kosti, zuby, lastury nebo listy. Vzácný výskyt celých živočišných a rostlinných fosilií je činí výjimečně cennými pro paleontologický výzkum a pochopení starověkých ekosystémů.