- Ztráta stanovišť :Primárním stanovištěm zakrslého králíka jsou pelyněk stepní a jalovcové lesy, které se rychle mění na zemědělskou a obytnou zástavbu. Tato ztráta přirozeného prostředí roztříštila populaci zakrslých králíků, takže je zranitelnější vůči predaci a chorobám.
- Predace :Zakrslí králíci jsou kořistí různých predátorů, včetně kojotů, lišek, jezevců a dravců. Vzhledem k tomu, že stanoviště zakrslého králíka je fragmentované, je pro dravce snazší se k nim dostat a zabít je.
- Konkurence :Zakrslí králíci soutěží s jinými malými savci, jako jsou pikas a hraboši, o potravu a úkryt. Tato soutěž může omezit schopnost trpasličího králíka přežít a rozmnožovat se.
- Nemoc :Zakrslí králíci jsou náchylní k řadě nemocí, včetně tularémie, moru a kokcidiózy. Tyto nemoci se mohou rychle šířit populací a způsobit rozsáhlou úmrtnost.
- Změna klimatu :Změna klimatu je také hrozbou pro zakrslého králíka. Předpokládá se, že stepní stepi a jalovcové lesy zaznamenají zvýšené teploty a snížené srážky, což znesnadní přežití zakrslého králíka.
Kvůli těmto hrozbám je zakrslý králík považován za jednoho z nejohroženějších savců v Severní Americe. Probíhají snahy o ochranu trpasličího králíka a jeho stanoviště, včetně obnovy stanoviště, kontroly predátorů a zvládání chorob.