Tučňáci císařští staví svá hnízda ve formě „choulí“, což jsou těsně stěsnané skupiny jedinců, kteří se k sobě choulí za teplem a ochranou před extrémním antarktickým počasím. Velikost těchto shluků se může lišit od několika desítek až po několik tisíc tučňáků.
V choulích si tučňáci císařští vytvářejí jednotlivá hnízda pomocí sněhu a ledu. Vyškrábou mělkou prohlubeň ve sněhu a vystlají ji peřím, čímž vytvoří hrubé, ale účinné hnízdo, do kterého se vejdou vajíčka. Hnízda jsou obvykle 10 až 12 palců v průměru a jen několik palců hluboká.
Je důležité si uvědomit, že tučňáci císařští jsou jediným druhem tučňáka, který klade vajíčka během zimy. Většina ostatních druhů tučňáků se rozmnožuje během teplejších letních měsíců.