Lov a pytláctví: Navzdory přísným zákonům proti lovu stále existuje nezákonný lov a pytláctví, které představují významnou hrozbu pro přežití tohoto druhu. Varani komodští jsou cíleni pro své kůže, které se používají k výrobě luxusních kožených výrobků. Navíc jejich údajné léčivé vlastnosti mohou vést k poptávce na černém trhu.
Příbuzenská plemenitba :Malé a izolované populace varanů komodských mohou vést k příbuzenskému křížení, což vede ke snížení genetické rozmanitosti a zvýšené náchylnosti k nemocem a změnám prostředí.
Změna klimatu :Stoupající hladiny moří v důsledku změny klimatu představují hrozbu pro nízko položené hnízdní pláže používané varany komodskými, což má dopad na jejich reprodukci a přežití. Měnící se podmínky prostředí mohou ovlivnit dostupnost jejich zdrojů potravy a druh dále stresovat.
Úsilí o ochranu varanů komodských zahrnuje ochranu stanovišť a opatření proti pytláctví zaváděná indonéskou vládou spolu s mezinárodními ochranářskými organizacemi. Pokračující úsilí o ochranu, výzkum a informovanost veřejnosti jsou však zásadní pro zajištění dlouhodobého přežití tohoto pozoruhodného a ikonického druhu.