Lov a odchyt: Pygmejští prasata jsou loveni pro maso a kůži. Jsou také odchyceni pro obchod se zvířaty, protože jsou považováni za exotická zvířata. Lov a odchyt dále přispívají k poklesu jejich populace.
Soutěž s domácími zvířaty: V oblastech, kde trpaslíci žijí v těsné blízkosti lidí a jejich dobytka, čelí konkurenci o jídlo a zdroje. Domácí zvířata mohou také přenášet nemoci, které mohou být pro Pygmy prasata smrtelné.
Příbuzenská plemenitba a genetická rozmanitost: Kvůli jejich malé velikosti populace a fragmentaci jsou trpaslíci ohroženi příbuzenskou plemenitbou. Příbuzenské křížení může vést ke zdravotním problémům a snížení genetické rozmanitosti, díky čemuž je populace náchylnější k nemocem a změnám prostředí.
Úsilí o ochranu: Ochranářské organizace a vládní agentury pracují na ochraně prasete trpasličího a jeho přirozeného prostředí. To zahrnuje zřizování chráněných oblastí, provádění opatření proti pytláctví a zvyšování povědomí o důležitosti zachování tohoto jedinečného druhu.