- Krysa alpská obývá specifický typ biotopu, tedy alpské a subalpínské lesy. Tato stanoviště rychle mizí v důsledku různých faktorů, jako je odlesňování a změna klimatu.
Introdukce nepůvodních predátorů
- Vysazení nepůvodních predátorů, jako jsou divoké kočky, psi a lasičky, vyvolalo obrovský tlak na populaci.
Nemoc
- Potkani jsou vysoce náchylní k nemocem a zavlečení nových nemocí se může rychle šířit populací, což vede k poklesu populace.
Lov
- Krysa alpská je lovena pro svou kožešinu a maso, což dále snižuje počet jejích populací.