1. Ztráta stanovišť: Přirozené prostředí tučňáka Humboldtova je ohroženo lidskými aktivitami, jako je expanze měst, rozvoj pobřeží a cestovní ruch. Přeměna pobřežních oblastí pro lidská sídla, průmysl a zemědělství zmenšuje jejich hnízdiště a oblasti potravy, což vede k fragmentaci a ztrátě stanovišť.
2. Nadměrný rybolov: Tučňáci Humboldtovi se jako obživa spoléhají na ryby a nadměrný rybolov komerčním rybolovem představuje významnou hrozbu. Vyčerpávání rybích populací snižuje jejich zdroje potravy, což vede ke konkurenci s jinými mořskými predátory a ovlivňuje jejich reprodukční úspěch a míru přežití.
3. Změna klimatu: Stanoviště tučňáka Humboldtova je zranitelné vůči dopadům změny klimatu, včetně stoupající hladiny moří a změn oceánských proudů. Tyto změny narušují jejich ekosystém a ovlivňují dostupnost druhů jejich kořisti. Kromě toho mohou extrémní jevy počasí, jako jsou bouře a vlny veder, přímo poškodit jedince nebo zničit jejich hnízdiště.
4. Predace: Tučňáci Humboldtovi čelí predaci původních i invazních druhů. Mezi přirozené predátory patří lachtani a tuleni, zatímco zavlečení predátoři, jako jsou divoké kočky, psi a krysy, mohou předcházet na vejcích, kuřatech a dospělých.
5. Nemoc a paraziti: Tučňák Humboldtův může trpět různými nemocemi, včetně ptačí chřipky a parazitů, jako jsou vši a blechy. V přeplněných koloniích se mohou nemoci rychle šířit a způsobit vysokou úmrtnost, zejména mezi zranitelnými kuřaty a mláďaty.
6. Znečištění: Znečištění z průmyslového odpadu, ropných skvrn a plastů představuje významnou hrozbu pro životní prostředí tučňáka Humboldtova a jeho zdroje potravy. Chemikálie a znečišťující látky mohou kontaminovat jejich životní prostředí a hromadit se v jejich tělech, což ovlivňuje jejich zdraví a reprodukční schopnosti.
Probíhají snahy o ochranu tučňáků Humboldtových a jejich stanovišť, včetně zřízení chráněných mořských oblastí, nařízení o rybolovných postupech, kontrole predátorů, obnově stanovišť a kampaních na zvýšení povědomí veřejnosti. Spolupráce mezi ochranářskými organizacemi, vládami a místními komunitami je zásadní pro zajištění dlouhodobého přežití těchto ikonických ptáků.