1. sladká voda: Běžně se vyskytují ve sladkovodních stanovištích, jako jsou jezera, rybníky a řeky. Mohou prosperovat jak ve stoje i tekoucích vodních útvarech.
2. mořské prostředí: Některé chaonoflageláty se nacházejí v mořském prostředí, včetně pobřežních vod a otevřených oceánů. Najdete je v různých hloubkách, od mělkých pobřežních oblastí až po hluboké oceánské vody.
3. půda: Některé druhy chaonoflagelátů lze nalézt ve vlhkých půdách a pozemských prostředích. Mohou obývat půdní póry a mikrohabitaty bohaté na organickou hmotu a vlhkost.
4. Symbiotické vztahy: Některé chaonoflageláty tvoří symbiotické vztahy s jinými organismy. Například některé druhy žijí ve spojení s mořskými bezobratlými, jako jsou houby nebo korály, kde přispívají k získání a obraně živin hostitele.
5. extrémní prostředí: Některé chaonoflageláty se přizpůsobily tak, aby přežily v extrémním prostředí, jako jsou horké prameny, kyselé vody nebo prostředí s vysokými koncentracemi soli. Vykazují jedinečné adaptace, které jim umožňují prosperovat v těchto náročných podmínkách.
Specifická preference stanoviště konkrétního druhu chaonoflagelátu závisí na jeho fyziologických adaptacích a ekologických požadavcích. Tyto organismy zabírají různá stanoviště, od sladkovodních ekosystémů po mořské prostředí a dokonce i pozemské prostředí.