1. Snížená genetická diverzita: Selektivní šlechtění může vést ke snížení genetické diverzity v populaci. Omezení páření výběrem pouze určitých jedinců může snížit variabilitu genů v populaci, což ji může učinit náchylnější k nemocem, změnám prostředí nebo jiným výzvám.
2. Inbreeding a zdravotní problémy: Blízcí příbuzní jedinci mohou mít zvýšené riziko vzniku genetických poruch a zdravotních problémů v důsledku příbuzenské plemenitby. Příbuzenská plemenitba může být výsledkem selektivního chovu, kdy se jedinci s požadovanými vlastnostmi opakovaně páří mezi sebou.
3. Ztráta dalších vlastností: Zaměření se na výběr specifických vlastností může vést ke ztrátě dalších cenných vlastností v populaci. Například při selektivním šlechtění za účelem zvýšení produkce mléka u krav mohou být jiné vlastnosti, jako je odolnost vůči chorobám nebo kvalita masa, přehlédnuty a potenciálně sníženy.
4. Etické obavy: Selektivní chov vyvolává etické obavy, zejména v případech, kdy se jedná o zvířata. Kritici tvrdí, že to může zahrnovat praktiky, jako je utracení, umělé oplodnění a genetické modifikace, které by mohly ohrozit dobré životní podmínky a pohodu zvířat.
5. Omezená adaptace: Selektivní šlechtění může vést ke zvířatům nebo rostlinám, které se dobře hodí pro konkrétní prostředí nebo účely, ale mohou postrádat adaptabilitu, aby prospívaly v měnících se podmínkách nebo v různých prostředích.
6. Ztráta tradičních znalostí a biologické rozmanitosti: V případě tradičního zemědělství nebo domorodých postupů může selektivní šlechtitelské úsilí velkých průmyslových odvětví podkopat místní znalosti, rozmanité odrůdy plodin a zachování tradičních plemen a ekosystémů.
7. Ekonomické náklady: Selektivní chov často zahrnuje značné investice, jako je infrastruktura, technologie, kvalifikovaní odborníci a šlechtitelské programy, které mohou být drahé a náročné na zdroje.
Je důležité poznamenat, že specifické náklady a nevýhody selektivního šlechtění se mohou lišit v závislosti na chovaných organismech, rozsahu šlechtitelského úsilí a úrovni etických úvah a použitých vědeckých poznatků.