- Jméno lodi může být odvozeno od zastaralého starého anglického slova „Beagle“, což znamená malou loď nebo loď lodi. Toto slovo bylo použito již ve 14. století k odkazování na malou, lehce ozbrojenou loď, která byla použita pro průzkum a přepravu zásob.
- Dalším možným vysvětlením je, že název byl inspirován kanálem Beagle, úzká vodní cesta umístěná mezi Chile a Argentinou. Kanál byl pojmenován britskými průzkumníky na konci 18. století a je možné, že název HMS Beagle byl vybrán s odkazem na tento geografický rys.
- Někteří historici také naznačují, že jméno HMS Beagle mohlo být ovlivněno přístavem Beagle v Austrálii. Přístav se nachází na severním území a byl jmenován britskými průzkumníky v roce 1838, krátce předtím, než se HMS Beagle pustil do své slavné plavby.