Existují dva hlavní typy biologických mikroskopů:složené mikroskopy a pitevní mikroskopy. Složené mikroskopy používají dvě čočky, čočku objektivu a čočku okuláru, ke zvětšení obrazu předmětu. Čočka objektivu je umístěna ve spodní části mikroskopu a zaměřuje světlo na preparát. Čočka okuláru je umístěna v horní části mikroskopu a zvětšuje obraz vytvářený čočkou objektivu. Preparační mikroskopy mají pouze jednu čočku, čočku objektivu, a používají se k prohlížení větších preparátů, které nevyžadují tolik zvětšení.
Biologické mikroskopy mohou být vybaveny různými doplňky, jako jsou světelné zdroje, filtry a stolky. Osvětlení vzorku zajišťují světelné zdroje. Filtry lze použít ke změně barvy nebo intenzity světla. K udržení vzorku na místě se používají plošiny.
Biologické mikroskopy jsou základními nástroji pro studium mikroskopického světa. Umožňují výzkumníkům podrobně pozorovat a analyzovat buňky, tkáně a mikroorganismy.