* Ztráta stanoviště: Zničení malého modrého stanoviště tučňáků je pro tento druh hlavní hrozbou. To může být způsobeno řadou faktorů, včetně vývoje pobřeží, znečištění a změny klimatu.
* nemoc: Malé modré tučňáci jsou citlivé na řadu nemocí, včetně ptačí cholery, aspergilózy a kokcidiózy.
* lidské rušení: Malé modré tučňáky mohou být narušeny lidskými činnostmi, jako je plavba, rybaření a plavání. To může vést ke stresu, zranění a dokonce i smrti.