- Ztráta a degradace stanoviště: Afričtí tučňáci se spoléhají na pobřežní stanoviště pro chov, hnízdění a krmení, ale tato stanoviště jsou ohrožena lidskými činnostmi, jako je rozvoj pobřeží, znečištění a nadměrný rybolov. Zejména pobřežní rozvoj vedl ke zničení nebo fragmentaci hnízdních míst.
- nadměrné rybolov: Afričtí tučňáci jsou také ohroženi nadměrným rybolovem, protože se spoléhají na ryby pro svou stravu. Nadměrné rybolov může snížit dostupnost jídla pro africké tučňáky a ztěžovat jim přežít. Některé druhy ryb, na které se afričtí tučňáci spoléhají, jsou přemístěny pro účely spotřeby a rekreací.
- změna klimatu: Změna klimatu je další hlavní hrozbou pro africké tučňáky. Rostoucí hladiny moře a změny teploty oceánu mohou narušit chov tučňáků, snížit jejich zásobování potravinami a vést ke zničení jejich hnízdních míst.
- znečištění: Znečištění z různých zdrojů, včetně úniků ropy, plastového odpadu a vypouštění odpadních vod, může mít také negativní dopady na africké tučňáky. Ropné úniky mohou oblékat peří, takže je neschopné regulovat jejich tělesnou teplotu a vodotěsné jejich těla, což vede k smrti. Plastový odpad může být požíván tučňáky a způsobit zablokování v jejich trávicích traktech a vypouštění odpadních vod může kontaminovat jejich zdroje potravy.
- predace: Afričtí tučňáci čelí hrozbám predátorů, a to jak na zemi, tak na moři. Na zemi mohou být napadeny mongoózy a kočkami, zatímco na moři je mohou být kořistí žraloci a dalšími velkými mořskými predátory.
Všechny tyto faktory přispěly k poklesu afrických populací tučňáků, což vedlo k jejich klasifikaci ohrožené Mezinárodní unií pro zachování přírody (IUCN). Probíhá úsilí o ochranu přírody k řešení těchto hrozeb a ochrany zbývajících afrických tučňáků.