Lov a pytláctví: Filipínský jelen je loven pro své maso, kůži a parohy. Lov jelenů je na Filipínách populární zábava a vymáhání loveckých předpisů je slabé. Hlavním problémem je také pytláctví, protože jeleni jsou na místních trzích často zabíjeni k prodeji.
Nemoc: Filipínský jelen je také náchylný k řadě nemocí, zavedených i endemických. Jednou z nejzávažnějších hrozeb je choroba nohou a úst, která může u jelena způsobit závažné onemocnění a dokonce smrt.
Konkurence s jinými druhy: Filipínský jelen také čelí konkurenci o potravinách a zdrojích od jiných druhů, včetně zavedených druhů jelenů, jako je jelena Rusa a jelena Sika. Tyto zavedené druhy mohou překonat filipínské jeleny pro jídlo a stanoviště a mohou také přenášet nemoci.
Filipínský jelen je ohrožený druh a jeho populace rychle klesá. Pokud nebudou přijata účinná opatření na ochranu, je pravděpodobné, že ve volné přírodě zanikne.