Ohrožené druhy, které se nyní vyskytují pouze v zoologických zahradách, často pocházejí z malých, izolovaných populací, které byly zredukovány na kriticky nízké počty v důsledku různých faktorů, jako je ztráta přirozeného prostředí, lov a nadměrné využívání. Když jsou tyto druhy přivezeny do zoologických zahrad pro účely ochrany a chovu, mohou nést pouze zlomek genetické diverzity, která existovala ve volné populaci.
Jak se tyto druhy rozmnožují v zajetí, omezená genetická variace se dále koncentruje, což vede ke ztrátě alel a snížení genetické diverzity. Postupem času to může mít škodlivé účinky na schopnost druhů přizpůsobit se měnícím se podmínkám prostředí a zvýšenou náchylnost k nemocem, což je činí zranitelnějšími vůči vyhynutí.
Aby se zmírnily účinky efektu zakladatele a zachovala se genetická rozmanitost, programy ochrany v zoologických zahradách často implementují strategie, jako je selektivní chov, řízení populace a genetická záchrana. Cílem těchto opatření je zavést nový genetický materiál do populací v zajetí, zachovat genetickou rozmanitost a snížit riziko inbreedingové deprese a dalších genetických problémů, které mohou vzniknout z nízké genetické variace.