Ztráta a degradace stanovišť :Netopýr seychelský se při hnízdění a hledání potravy spoléhá na původní lesní stanoviště. Odlesňování pro zemědělství, těžbu dřeva a rozvoj vedlo k fragmentaci a redukci těchto lesů, což výrazně snižuje dostupné stanoviště pro tento druh.
Lov a odchyt :Netopýr seychelský je příležitostně loven pro potravu nebo se používá v tradiční medicíně. Navíc se mohou uvěznit v sítích pro jiná zvířata.
Introdukovaní dravci :Vysazení nepůvodních predátorů, jako jsou krysy, kočky a mangusty, také přispělo k úbytku netopýra seychelského. Tito predátoři se živí netopýry, jejich mláďaty a jejich úkryty.
Malá velikost populace a genetická zranitelnost :Netopýr seychelský má malou populační velikost a je vysoce lokalizovaný, takže je náchylnější k dopadům ztráty přirozeného prostředí, lovu a predace. Malá velikost populace také omezuje genetickou rozmanitost, zvyšuje riziko inbreedingu a snižuje schopnost druhu přizpůsobit se měnícím se podmínkám prostředí.
Změna klimatu :Měnící se klimatické vzorce, jako jsou zvýšené teploty a změněné srážky, mohou ovlivnit dostupnost potravy a míst pro nocoviště a dále zhoršit problémy, kterým čelí netopýr seychelský.
Pokračují snahy o ochranu netopýra seychelského a jeho přirozeného prostředí, včetně zřizování chráněných oblastí, obnovy stanovišť a opatření pro kontrolu predátorů. Tento druh však zůstává kriticky ohrožený a vyžaduje nepřetržité monitorování a ochranářské zásahy, aby bylo zajištěno jeho dlouhodobé přežití.