Nejvýznamnějším faktorem přispívajícím k ohrožení mexického vlků je ztráta stanoviště. To je z velké části způsobeno přeměnou přírodních stanovišť na zemědělské a městské oblasti. Výsledkem je, že mexičtí vlci ztratili přístup ke své přirozené základně kořisti a vhodným denningovým místům.
2. Lov a zachycení
Historicky byli mexičtí vlci loveni a uvězněni pro jejich kožešinu a jako prostředek kontroly predátora. Toto nerozvážné zabíjení vlků dále snížilo jejich populace.
3. Hybridizace
Mexičtí vlci úzce souvisejí s kojoty a bylo zdokumentováno propojení mezi těmito dvěma druhy. Hybridizace může vést k zředění genetické integrity mexického vlků a ke ztrátě jedinečných adaptací, které jsou nezbytné pro přežití v jejich přirozeném prostředí.