Avšak v oblastech, kde jsou zdroje vzácné nebo se jejich území překrývají, mohou mezi těmito dvěma druhy dojít k konfliktům. Konkurence o potravinách, stanovišti a loveckém půdě může vést k konfrontacím a boji.
Když se vlci setkávají s kojoty, mohou je aktivně pronásledovat a zaútočit, aby vytvořili dominanci nebo chránili své území. Vlci mohou někdy zabít kojoty, aby snížili konkurenci. Takové interakce jsou pravděpodobnější, když je kořist omezená nebo během období rozmnožování, kdy oba druhy brání území.
Na druhé straně jsou kojoti známí svou přizpůsobivostí a vynalézavostí. V některých případech se mohou kojoti vyhnout přímým konfliktům s vlky a uchýlit se k úniku o zbytcích vlčí kořisti. Mohou také upravit své lovecké chování a vyhnout se oblastem, kde je přítomnost vlků vysoká.
Celkově jsou interakce mezi vlky a kojoty dynamické a mohou se pohybovat od konkurence a konfliktů až po koexistenci a příležitostnou spolupráci ve vzácných případech.