Obecně platí, že ovocné netopýři vykazují polygyny, ve kterém se muži spojují s více ženami. Samice porodí jediné štěně po těhotenství, které obvykle trvá několik měsíců. Štěňata se narodí se zavřenými očima a jsou závislé na jejich matce na jídlo a péči. Během několika měsíců se učí létat a pícniny sami a dosáhnout sexuální zralosti kolem jednoho roku.
Některé druhy ovocné netopýry, jako je ovocná netopýr z slaměného zbarvení (Eidolon Helvum), vykazují synchronizované šlechtění, ve kterém se na stejnou dobu porodí velké množství jednotlivců. Toto je považována za adaptaci ke snížení rizika predace u těhotných žen a mladých mláďat.