Pokud transgenní hospodářská zvířata někdy narazí na divoká populace, mohou mít na přírodní ekosystém velmi nepříjemné účinky. Jedním z příkladů by to mohlo být prorození, kde genetický materiál z transgenních zvířat vstupuje do divokých populací. To může změnit genovou skupinu divokých populací a nakonec vést k negativním dopadům na jejich kondici a přizpůsobivost. Transgenní zvířata mohou také nést patogeny nebo škodlivé látky, které mohou ovlivnit divoká zvířata, když se dostanou do kontaktu.
