Vůně netopýrů se může lišit v závislosti na druhu, ale obecně mají pižmový, zemitý zápach. Je to proto, že netopýři vylučují různé chemikálie z jejich kůže, kožešin a slin, které slouží různým účelům, včetně komunikace, označení území a přitahování kamarádů. Vůně netopýrů může být obzvláště silná v jeskyních nebo jiných uzavřených prostorech, kde se ve velkém počtu hýbají. Někteří lidé považují vůni netopýrů nepříjemných, zatímco jiní považují za podivně příjemné nebo dokonce uklidňující.
