Pantanal je domovem různých druhů ptáků, včetně:
* Ara hyacintový
* Ara šarlatový
* Volavka velká
* Čáp Jabiru
* Lžíce růžová
* Ara zelenokřídlý
* Tukan toco
* Brazilský merganser
* Česat kachnu
Savci
Mnoho různých savců lze nalézt v Pantanalu, jako například:
* Pásovec obrovský
* Vlk hřivnatý
* Chacoan pekari
* Jelen pampový
* Jaguár
*Ocelot
* Kočka tygr severní
* Jelen bahenní
* Kapybara
Plazi a obojživelníci
Pantanal obývá také řada plazů a obojživelníků, včetně:
* Zelená anakonda
* Kajman černý
* Kajman Yacare
* Kajman brýlatý
* Brazilská obří želva
* Želva rudonohá
* Běžná želva chňapající
* Zlatá jedovatá žába
* Rosnička červenooká
Ryby
Pantanal je domovem více než 260 druhů ryb, včetně:
* Piraňa červenobřichá
* Černá piraňa
*Payara
* Arapaima
* Tambaqui
*Pacu
* Sumec
* Characiny
* Cichlidy