Teorie evoluce měla hluboký dopad na způsob, jakým jsou druhy klasifikovány. Před příchodem evoluční teorie byly druhy klasifikovány na základě jejich fyzických podobností s malým ohledem na jejich evoluční vztahy. Evoluční teorie však představila koncept běžného původu, který uvádí, že všechny živé organismy jsou pocházevány od společného předka. To vedlo k rozvoji fylogenetické klasifikace, která seskupuje druhy na základě jejich evolučních vztahů, spíše než na jejich fyzické podobnosti.