Fretky černonohé loví tak, že vyhledávají a vstupují do nor prérijních psů. Používají svůj bystrý sluch a čich, aby odhalili přítomnost prérijních psů v podzemí. Jakmile se fretka dostane do nory, bude hledat a útočit na svou kořist. Jsou to výkonní predátoři a dokážou zabít několik prérijních psů během jednoho lovu.
Kromě prérijních psů mohou fretky černonohé příležitostně konzumovat další drobné savce, jako jsou sysle, myši a hraboši. Je také známo, že jedí ptáky, hmyz a ještěrky, ačkoli tyto položky tvoří malou část jejich stravy.
To, že se fretka černonohá spoléhá na prérijní psy jako primární zdroj potravy, z nich dělá vysoce specializované predátory. Stav jejich ochrany úzce souvisí s dostupností a množstvím kolonií psů prérijních. Pokles populací prérijních psů v důsledku ztráty přirozeného prostředí, nemocí a úsilí o kontrolu měl významný dopad na populaci fretek černonohých a přispěl k jejich ohrožení.