Ztráta a fragmentace stanovišť :Jaguáři potřebují k přežití rozsáhlá území a rozmanitá stanoviště. Bohužel se jejich přirozená stanoviště rychle ztrácí a fragmentují v důsledku odlesňování, rozšiřování zemědělství, rozvoje infrastruktury a růstu měst. To nejen snižuje dostupný prostor pro toulání jaguárů, ale také narušuje jejich chov, krmení a migrační vzorce.
Konflikt mezi člověkem a divokou přírodou :Jak se lidská sídla rozšiřují do jaguárích stanovišť, dochází ke konfliktům, když jaguáři loví dobytek. To může vést k odvetě ze strany farmářů a rančerů, což má za následek zabíjení jaguárů. Kromě toho mohou být jaguáři zabiti, pokud představují vnímanou hrozbu pro lidskou bezpečnost nebo jsou považováni za obtíž.
Změna klimatu :Účinky změny klimatu, jako jsou změněné vzorce srážek, rostoucí teploty a zvýšená frekvence extrémních povětrnostních jevů, ovlivňují biotopy jaguárů a populace kořisti. Tyto změny narušují ekosystém a činí pro jaguáry náročnější přežití a úspěšnou reprodukci.
Omezená genetická rozmanitost :Jaguáři mají relativně nízkou genetickou rozmanitost ve srovnání s jinými druhy velkých koček. Díky tomu jsou zranitelnější vůči dopadům ztráty přirozeného prostředí, lovu a dalších faktorů, které mohou narušit jejich populace. Nízká genetická rozmanitost může snížit schopnost druhu přizpůsobit se změnám prostředí a zvýšit riziko příbuzenské plemenitby.