Zooplankton není ohrožen jako celek. Zahrnují rozmanitou sbírku malých vodních zvířat, včetně četných druhů, které se daří v různých stanovištích. Některé druhy zooplanktonu mohou dojít k poklesu lokalizovaného populace v důsledku konkrétních faktorů, jako je znečištění nebo ničení stanovišť, ale jedná se o lokalizované problémy, které neovlivňují všechny populace zooplanktonu.
