Přestože se v současné době nepovažuje za ohrožení, jejich populace klesá kvůli několika hrozbám, včetně:
* Ztráta a fragmentace stanoviště: Odlesňování a konverze půdy pro zemědělství a rozvoj zmenšují jejich stanoviště.
* Lov a pytláctví: Jaguáři jsou loveni za svou kožešinu, části těla používané v tradiční medicíně a někdy ze strachu nebo pomsty.
* Konflikt člověka-Wildlife: Jak rostou lidské populace, existuje více setkání mezi Jaguary a lidmi, což vede ke konfliktům a někdy zabíjení Jaguarů.
Je důležité si uvědomit, že populace Jaguar jsou velmi variabilní v celém jejich rozsahu , s některými oblastmi, které mají mnohem nižší čísla než jiné. Některé populace jsou kriticky ohroženy, což činí zásadní úsilí o ochranu.