Ano, mořské koně přicházejí v různých barvách, včetně červené, oranžové, žluté, zelené, modré, fialové a černé. Někteří mořské koně mají také vzory nebo pruhy různých barev. Zbarvení mořských koní se může lišit v závislosti na jejich druhu, jejich prostředí a jejich stravě.