Teplota těla trpasličího mořského koníka je stejná jako teplota okolní vody, což znamená, že nemá žádnou nezávislou kontrolu nad svou tělesnou teplotou. Nedokážou udržet stálou vnitřní teplotu a místo toho spoléhají na to, že jejich tělesnou teplotu reguluje okolní prostředí. Jako taková se jejich tělesná teplota mění v závislosti na teplotě jejich mořského prostředí.
