Na druhé straně čištění stanovišť je úplné odstranění stanoviště, obvykle za účelem přeměny půdy na jiné využití, jako je zemědělství nebo rozvoj. Zatímco fragmentaci stanovišť může nastat v důsledku zúčtování stanoviště, dva termíny nejsou synonymem.
Fragmentace stanovišť může mít řadu negativních dopadů na biologickou rozmanitost a funkci ekosystému. Může například snížit množství dostupného stanoviště pro druhy, což může vést k poklesu populace. Může také zvýšit riziko inbreedingu a dalších genetických problémů. Fragmentace stanovišť může navíc narušit pohyb druhů a zabránit jim v přístupu k důležitým zdrojům, jako je jídlo, voda a kamarádi.
Fragmentace stanovišť může mít také řadu negativních účinků na funkci ekosystému. Může například vést ke změnám ve složení společenství rostlin a zvířat, které mohou narušit potravinový řetězec a další ekologické interakce. Může také zvýšit riziko eroze a jiných forem degradace životního prostředí.
Vyčištění stanovišť je hlavní příčinou fragmentace stanovišť, ale není to jediný. Mezi další lidské činnosti, které mohou vést k fragmentaci stanovišť, patří těžba, stavba silnic a znečištění.
Fragmentace stanovišť je vážnou hrozbou pro biologickou rozmanitost a funkci ekosystému. Je důležité podniknout kroky ke zmírnění jeho účinků ochranou stávajícího stanoviště a obnovením roztříštěného stanoviště.