Seahorses má mnoho predátorů, včetně tuňáka, mečoun, žraloků, delfínů, paprsků, pečetí, ptáků, krabů, krevet, humrů, chobotnice, mořského brosu, grouperu, barracudy, spuštění, spouštěcích ryt, úhořů a žebříček. Tito predátoři se zaměřují na moře kvůli jejich malé velikosti a omezené schopnosti skrýt se nebo bránit se. Některé druhy mořských koní jsou také silně zacíleny nelegálním obchodem s akváriem, což dále ohrožuje jejich populace. Vzhledem k tomu, že mořští koníci často obývají mělké pobřežní vody v blízkosti pobřeží, některé druhy čelí dalším hrozbám z pobřežního rozvoje vedoucího k ničení stanovišť a narušení základních potravinových řetězců, na které se spoléhají. Úsilí o ochranu mořských koní je proto stále kritičtější při zajišťování jejich přežití.
