Podle Mezinárodní unie pro ochranu přírody (IUCN) jsou některé druhy mořských koní považovány za zranitelné vůči ohrožené, přičemž v mnoha regionech je pozorován pokles populace. Například červený seznam IUCN klasifikuje následující druh jako zranitelný:
1. Hippocampus přichází (lemovaný mořský kůň):Nalezený v západním Pacifiku je tento druh ohrožen ničením stanoviště a nadměrným rybolovem.
2. Hippocampus Trimaculatus (tříbodový mořský kůň):Tento mořský kůň, původní z Indo-Pacifického regionu, je náchylný k ztrátě a sběru stanovišť pro tradiční medicínu.
3. Hippocampus Hippocampus (Spiny Sea Horse):Distribuován ve Středozemním moři a ve východním Atlantiku, tento druh čelí hrozbám po pobřežním rozvoji a rybolovným tlakem.
4. Hippocampus erectus (žirafa Sea Horse):Obývající tropické vody Indo-Pacifiku, žirafy mořského koně je náchylný k degradaci a nadměrnému rybolovu stanoviště.
Tyto odhady zdůrazňují potřebu úsilí o zachování a udržitelné postupy řízení na ochranu populací mořských koní a zajištění jejich přežití tváří v tvář různým hrozbám, kterým čelí.