Tučňáci Galapagos se nacházejí výhradně na ostrovech Galapagos, které se nacházejí v Tichém oceánu, přibližně 1 000 kilometrů (620 mil) západně od pevninského Ekvádoru. Obývají pobřežní oblasti a skalnaté pobřeží ostrovů, zejména v západních a centrálních částech, včetně Isabela, Fernandina, Floreana a Santiago Islands. Tučňáci Galapagos preferují mělké vody a chráněné zátoky s jemnými svahy, kde mají snadno získat přístup ke svým zdrojům potravy a hnízda. Klima v Galapagosu je velmi variabilní díky oceánským proudům, s teplou a mokrou sezónou od ledna do května a chladnější a suchší sezónou od června do prosince. Navzdory těmto variacím se tučňáci Galapagos přizpůsobili jedinečným podmínkám prostředí ostrovů a v tomto stanovišti úspěšně prospívají.