Krokodýli Nil se nacházejí v široké škále sladkovodních stanovišť, včetně řek, jezer, bažin a močálů. Upřednostňují mělké vody s hustou vegetací, která jim poskytuje krytí pro lov a ochranu před predátory. Krokodýli Nilu lze nalézt také v brakických vodních stanovištích, jako jsou ústí a pobřežních lagun.
