Zde jsou hlavní vrstvy hlubokého jezera:
1. Epilimnion:Toto je horní, nejteplejší vrstva jezera. Je dobře osvětlený a obsahuje velké množství kyslíku. Zde se vyskytuje většina fotosyntetické aktivity a plankton a další organismy se daří.
2. MetalImnion:Jedná se o vrstvu rychle snižující se teploty, která odděluje epilimnion od hypolimnionu. Je také známý jako termoklin. Tato vrstva může být tlustá několik metrů a působí jako bariéra mezi horní a dolní vrstvou jezera a brání míchání.
3. Hypolimnion:Toto je hluboká, studená, spodní vrstva jezera. Je matně osvětlený a obsahuje velmi málo kyslíku. Voda v hypolimu je hustší a nemíchá se snadno s horními vrstvami. Tato vrstva může být stovky metrů hluboko ve velkých jezerech.
4. Profundální zóna:Nejhlubší část jezera se nazývá Zone Profundal. Vyznačuje se nízkými teplotami, nízkou hladinou kyslíku a omezenou viditelností. Organismy, které žijí v této zóně, jsou přizpůsobeny těmto drsným podmínkám.
Takže zatímco hluboká jezera nemají přesně stejné zóny jako mořský biom, vykazují zřetelné vrstvení a změnu teploty, pronikání světla a hladiny kyslíku, což vede k různým ekologickým výklenkům a komunitám organismů.