Ano, mnoho druhů mořských koní je považováno za ohrožené nebo zranitelné kvůli ztrátě stanovišť, nadměrnému rybolovu a nelegálnímu obchodu. Mezinárodní unie pro ochranu přírody (IUCN) uvádí některé druhy mořských koní jako kriticky ohrožené, ohrožené nebo zranitelné. K poklesu populací mořských koní přispívají také faktory, jako je degradace stanovišť, znečištění a změna klimatu. Probíhá úsilí o ochranu ochrany na ochranu stanovišť mořských koní, regulace rybolovu a zvyšování povědomí o důležitosti zachování těchto jedinečných mořských tvorů.
