Hlavním rozdílem mezi mořskými a sladkovodními ekosystémy je množství soli ve vodě. Mořské ekosystémy se nacházejí v oceánech a mořích, které mají vysoký obsah soli, zatímco sladkovodní ekosystémy se nacházejí v jezerech, řekách a potokech, které mají nízký obsah soli.