1. Změna klimatu:Epocha pozdního miocénu a raného pliocénu, asi před 5,3 až 2,6 miliony let, zažila významné změny klimatu. Chlazení oceánských teplot a změny ve vzorcích oceánské cirkulace ovlivnily distribuci a hojnost kořisti megalodonů, jako jsou velcí mořští savci a ryby.
2. Konkurence a predace:Výskyt a diverzifikace dalších velkých mořských predátorů, včetně косатки, velkých bílých žraloků (Carcharodon carcharias) a dalších vyhynulých druhů žraloků, může zvýšit konkurenci o zdroje potravy a loviště. Někteří vědci navíc naznačují, že косатки mohly lovit mladé megalodony, což přispělo k poklesu jejich populace.
3. Změny v populacích kořisti:Změny v početnosti a rozmanitosti druhů kořisti mohly mít kaskádový efekt na zásobování megalodonem potravou. Například pokles některých populací velryb v důsledku faktorů souvisejících s klimatem nebo zvýšené predace jinými mořskými predátory by mohl snížit dostupnost potravy pro megalodony.
4. Ztráta biotopů:Změny v mořské hladině a pobřežních prostředích během epoch pozdního miocénu a raného pliocénu mohly vést ke ztrátě vhodných stanovišť pro megalodony, zejména oblastí rozmnožování a odchovů. To mohlo dále snížit jejich reprodukční úspěšnost a míru přežití.
5. Genetické faktory:Někteří výzkumníci naznačují, že velká velikost a specializované stravovací návyky megalodona ho mohly učinit zranitelným vůči genetickým mutacím a sníženou přizpůsobivostí měnícím se podmínkám prostředí. To mohlo omezit schopnost druhu vyvíjet se a přežít tváří v tvář měnícím se výzvám.
Je důležité poznamenat, že tyto faktory pravděpodobně působily v kombinaci, spíše než že by za vyhynutí megalodonu byl odpovědný pouze jediný faktor. Přesné mechanismy a relativní příspěvky každého faktoru zůstávají předmětem probíhajícího vědeckého výzkumu a debat.