Nedostatek moderních pozorování :Přestože je jedním z největších a nejhorších mořských tvorů, které kdy existovaly, nedošlo k žádnému důvěryhodnému modernímu pozorování megalodonů. To naznačuje, že tento druh skutečně zanikl, protože jeho velikost a hojnost by pravděpodobně znesnadnila chybět v moderním oceánu.
Paleoceanografické změny :Přechod z pliocénu na epochy pleistocénu byl poznamenán významnými změnami životního prostředí, včetně chlazení globálních teplot, fluktuace hladiny moře a změn v oběhu oceánu. Tyto změny mohly ovlivnit dostupnost zdrojů potravy nebo jejich stanovišť, což nakonec vedlo k vyhynutí megalodonů.
Konkurence od jiných predátorů :Megalodony byli Apex Predators, ale pravděpodobně čelili konkurenci jiných mořských predátorů, jako je velký bílý žralok (Carcharodon Carcharias) a nyní vyvážený livyatan Melvillei, obří velryba spermatu. Konkurence o zdrojích a stanovišti mohla přispět k poklesu populací megalodonu.