Ztráta stanoviště: Zničení a fragmentace přírodních stanovišť v důsledku odlesňování, odtoku mokřadů, konstrukce přehrady a znečištění ohrožuje populace afrických lungfisků. Konstrukce přehrad narušuje jejich migrační trasy a tření, které ovlivňují jejich reprodukční úspěch.
Znečištění vody: Znečištění z zemědělského odtoku, průmyslového odpadu a vypouštění odpadních vod zhoršuje kvalitu vody a ohrožuje zdraví afrických lungfish a jejich potravinových zdrojů.
Změna klimatu: Změna klimatických podmínek, včetně rostoucích teplot, změněných vzorců srážek a extrémních povětrnostních událostí, může ovlivnit dostupnost vhodných stanovišť a zdrojů potravy pro africké lungfisty, což je činí zranitelnějšími vůči poklesu populace.
Trade: Ačkoli to není tak významné jako ostatní faktory, mezinárodní obchod s africkými lungfisty pro účely akvária může přispět k poklesu populace, zejména v kombinaci s ostatními hrozbami, kterým čelí.