1. Ztráta rodičovských rysů: Hybridizace často vede ke ztrátě specifických vlastností z mateřských rostlin. Protože potomci jsou hybridy, nemusí vykazovat všechny žádoucí vlastnosti jednoho z rodičů. To může být významná nevýhoda, pokud jsou pro výkon hybridního výkonu zásadní, jako je rezistence na onemocnění nebo vysoký výnos.
2. Nepředvídatelné výsledky: Výsledek hybridizace může být nejistý, protože je náročné předpovídat přesnou kombinaci vlastností, které budou zděděny potomkem. Tato variabilita představuje potíže pro chovatele, kteří se snaží rozvíjet rostliny se specifickými charakteristikami.
3. Potenciální inbreedingová deprese: Kontinuální hybridizace u úzce příbuzných jedinců může vést k inbreedingové depresi, což je snížení vitality, plodnosti a dalších žádaných rysů. Inbreeding deprese nastává v důsledku zvýšené exprese škodlivých recesivních genů a snížené genetické rozmanitosti.
4. Snížená genetická rozmanitost: Hybridizace může zúžit genetickou rozmanitost v populaci, což je zranitelnější vůči změnám životního prostředí a ohniskem nemocí. Genetická rozmanitost je nezbytná pro dlouhodobou přizpůsobivost a odolnost rostlinných populací.
5. Zvýšená náchylnost k nemoci: Hybridizace může představovat nové genetické zranitelnosti, díky nimž může potomstvo být náchylnější k nemocem a škůdcům. Spojení různých genetických pozadí může narušit mechanismy přirozené rezistence, což zvyšuje riziko infekcí.
6. Environmentální závislost: Hybridy často vykazují specifické preference životního prostředí a nemusí se za různých podmínek dobře fungovat. Tato úzká adaptace může omezit pěstování hybridů na určité geografické oblasti nebo rostoucí prostředí.
7. Potíže s udržováním uniformity: Hybridy mohou vykazovat variabilitu mezi sebou, což vede k výzvám při udržování uniformity v populaci. Tato změna může komplikovat produkci semen a kontrolu kvality.
8. Omezená produkce semen: Některé hybridní rostliny mohou mít sníženou produkci semen ve srovnání s jejich mateřskými rostlinami. To může zvýšit náklady na výrobu osiva a omezit dostupnost semen pro zemědělce.
9. Obavy z vlastnictví osiva a duševního vlastnictví: Hybridizace může vést k problémům souvisejícím s vlastnictvím osiva a práv duševního vlastnictví. Chovatelé se mohou snažit chránit své hybridní odrůdy, které mohou omezit přístup zemědělců k semenům a vést ke zvýšeným nákladům na osivo.
10. Overliance na hybridech: Nadměrná závislost na hybridních odrůdách může narušit tradiční zemědělské postupy, místní odrůdy osiva a znalosti s nimi spojené. To může mít dopad na zemědělskou biologickou rozmanitost a kulturní dědictví zemědělských komunit.