Filipínský orel, stejně jako všichni ostatní ptáci, má plíce jako jejich dýchací/respirační orgány. Jejich proces dýchání zahrnuje výměnu kyslíku a oxidu uhličitého mezi atmosférickým vzduchem bohatým na kyslík a krevním řečištěm orla. Respirační systémy ptáků jsou vysoce efektivní a přizpůsobeny pro jejich aktivní, vysoce energetický životní styl a požadavky na let.
