Jaguáři čelí několika hrozbám pro jejich přežití, včetně ztráty přirozeného prostředí, fragmentace a lovu. Jak se jejich přirozená stanoviště mění na zemědělskou půdu a další vývoj vytvořený člověkem, jaguáři ztrácejí úkryt, zdroje potravy a hnízdiště. To může vést k poklesu velikosti populace a reprodukční úspěšnosti.
Kromě toho jsou jaguáři často loveni pro svou srst, kůži a další části těla, které se používají v tradiční medicíně a prodávají se jako trofeje. Takový lov může mít za následek smrt jednotlivých jaguárů, snížení celkové populace a narušení dynamiky ekosystému.
K řešení těchto hrozeb a ochraně jaguárů se úsilí o ochranu zaměřují na provádění opatření na ochranu stanovišť, boj proti nezákonnému lovu a zvyšování povědomí o důležitosti ochrany jaguárů. Vytváření chráněných oblastí, koridorů a podpora postupů udržitelného hospodaření s půdou může pomoci zachovat a obnovit biotopy jaguárů. Vzdělávání a udržitelné postupy v místních komunitách jsou také zásadní pro podporu soužití mezi jaguáry a lidmi, omezení konfliktů a zajištění jejich dlouhodobého přežití.
Pokračováním v těchto snahách o ochranu je naděje zajistit zdravou a udržitelnou budoucnost jaguárům a zachovat jejich ekologickou roli vrcholových predátorů v ekosystémech, které obývají.