U orlů Bald jsou primární vylučovací orgány ledviny. Ledviny hrají zásadní roli při filtrování odpadních látek, jako je močovina a kreatinin, z krevního řečiště. Tyto odpadní produkty jsou poté transportovány do Cloaca, což je běžná komora pro trávicí, močový a reprodukční systémy. Z cloaca jsou odpadní produkty vyloučeny z těla ve formě moči.
Kromě ledvin hrají játra také významnou roli při detoxikaci a eliminaci metabolických odpadů v orlech bělohlavých. Játra přeměňuje toxické látky na méně škodlivé formy, které pak lze vylučovat efektivněji. Játra také hrají roli při výrobě žluči, která pomáhá při trávení tuků a eliminaci odpadních produktů skrz výkaly.