Pěnice zlatokřídlá hnízdí v mladých lesích a obnovujících se holinách. Tato stanoviště výrazně ubyla kvůli těžbě dřeva, rozvoji a potlačování požárů. V důsledku toho ztratil pěnice zlatokřídlá velkou část svého chovného areálu.
Hnízdní parazitismus krav hnědohlavých
Kravčané hnědohlaví jsou parazité, což znamená, že kladou vajíčka do hnízd jiných ptáků. Pěnice zlatokřídlá jsou zvláště náchylná k parazitování krav hnědohlavých a parazitovaná hnízda jsou často neúspěšná.
Soutěž s pěnicemi modrokřídlými
Pěnice modrokřídlé jsou blízce příbuzné s pěnicemi zlatokřídlými a často soutěží o stejné zdroje. Pěnice modrokřídlá jsou agresivnější než pěnice zlatokřídlé a často je předhánějí o potravu a hnízdiště.
Změna klimatu
Klimatické změny ohrožují i pěnice zlatokřídlou. S oteplováním klimatu se hnízdiště pěnice posouvá na sever. Pěnice se tím dostává do kontaktu s novými predátory a konkurenty a také pěnice ztěžuje hledání vhodných hnízdišť.